超出限制高度358件
在邊野古區及豐原區，有多達358棟建築超出了美軍為了飛航安全而規定的限制高度。防衛局在2011年調查階段的當下應早已知情，卻沒讓當地居民知悉，一直到2018年才承認。
依照美軍制定的安全基準，在建造機場時，以跑道起算的半徑2286m範圍內不可出現高於45.72m的建築。新基地的跑道位在高8.8m處，因此不可有超過標高54.52m的建築。經「全沖繩（オール沖縄）」的調查，證實邊野古區與豐原區若比照此安全基準，將會有358件以上的建築物超過限制高度，其中包含沖繩高等專門學校、久邊中學、久邊小學、公寓與民宅等。
沖繩防衛局對此回應，表示「飛行機原則上只會通過海上因此沒有問題，民宅沒必要比照美軍的基準。」然而，另一方面卻要求沖繩電力將同樣超出高度限制的高壓電塔地下化，若是在美國國內，民宅也應在對象範圍內，這顯然是兩套標準。居民表示憤怒：「防衛局的話根本不可信。電塔要比照基準，而民宅都無所謂了嗎？拖到現在才宣布，不就是意圖欺瞞居民的證據嗎？說只會飛在海上所以沒關係，但至今依然頻繁地在邊野古與豐原上空盤旋，根本不把規定當一回事。」在美國理應遵守的安全基準，到了沖繩就不再重要了嗎？在知情下進行基地建設的政府，究竟算什麼政府？
超出高度限制之建築物（全沖繩會議調查、2018年7月）
沖繩高等專門學校（在校生800人）
久邊中學（在校生77人）
久邊小學（在校生155人）
久志郵局
公寓4棟
住宅67戶
店鋪7戶
沖繩高等專門學校 久邊中學
久邊小學 民間公寓
豐原區的住宅
